對于微生物整體，可利用的碳源極廣。從CO2、NaHCO3、CaCO3到糖類、淀粉、纖維素、有機酸、醇、脂類、氨基酸、蛋白質、核酸以及烴類化合物，均是微生物可利用的碳源。異養微生物的最適碳源是C、H、O型，其中糖類是最易利用的廣泛碳源，其次是醇類、有機酸和脂類。
微生物在利用碳源方面有哪些特點
1、被生物吸收利用生成續保的微生物;
2、在生化的廢水中，投加生物活性碳源，能夠提高廢水的可生化性;
3、用作反硝化作用的電子供體;
4、在磷過剩時，新型復合碳源能夠更好的形成PHB(聚-β-羥丁酸);
5、繁殖速度快、投加簡單、無毒無害、為生物持續提供碳生物離子，使用范圍廣，已擴散吸收。
廣泛用于城市污水、屠宰、食品、金屬表面、電鍍等行業的生化污水處理。
總結：在糖類中單糖優于雙糖或多糖，己糖優于戊糖;在多糖中，淀粉優于纖維素或幾丁質，純多糖優于瓊脂。不同種的微生物其具體碳源利用的范圍很懸殊。洋蔥假單胞菌可利用的碳源多達90多種，而產甲烷細菌的碳源僅為CO2和少數幾種1C和2C化合物，甲烷氧化菌則僅局限于甲烷和甲醇兩種。一些致病的異養菌除有機碳源外尚需10%(V應V)CO2才能生長。
