聚丙烯酰胺單體和甲叉雙丙烯酰胺交聯劑在催化劑(如過硫酸銨)作用下形成的凝膠。凝膠孔徑大小可以通過制備時所使用的濃度和交聯度控制。交聯劑越多，孔隙越小。濃度越大，凝膠孔徑越小。
聚丙烯酰胺如何調節凝膠的孔徑
由于凝膠層析的分離原理是分子篩作用，它不象其它層析分離方式主要依賴于溶劑強度和選擇性的改變來進行分離，在凝膠層析中流動相只是起運載工具的作用，一般不依賴于流動相性質和組成的改變來提高分辨率，改變洗脫液的主要目的是為了消除組分與固定相的吸附等相互作用。
聚丙烯酰胺凝膠電泳是以聚丙烯酰胺凝膠為載體的一種區帶電泳。該凝膠由丙烯酰胺(Acr)和交聯劑N，N—甲叉雙丙烯聚酰胺(Bis)聚合而成。聚丙烯酰胺凝膠電泳利用電泳和分子篩的雙重作用分離物質。 Acr和Bis單獨存在或混合在一起時是穩定的，但在具有自由基團體系時就能聚合。引發自由基團的方法有化學法和光化學法兩種。
化學法的引發劑是過硫酸胺(Ap)，催化劑是四甲基乙二胺(TEMED);光化學法是以光敏感物核黃素來代替過硫酸胺，在紫外光照射下引發自由基團。
采用不同濃度的Acr、Bis 、A p、TEMED使之聚合，產生不同孔徑的凝膠。因此可按分離物質的大小，形狀來選擇凝膠濃度。
