目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸鈉、面粉、葡萄糖、生物質碳源及污泥水解上清液等。在使用過程中，需要根據實際工程情況選擇合適的碳源。
碳源:糖類(淀粉、葡萄糖、蔗糖等)、油脂(動、植物油)、有機酸(琥珀酸、檸檬酸、乳酸、乙酸等)和低碳醇(甲醇、乙醇等).
糖類:葡萄糖,所有的微生物都能利用葡萄糖,但是會引起葡萄糖效應
糖蜜,是制糖生產時的結晶母液,它是制糖工業的副產物.主要含有蔗糖,總糖可達50%～75%.一般糖蜜分甘蔗糖蜜和甜菜糖蜜葡萄糖蜜.
淀粉、糊精,缺點：難利用、發酵液比較稠、一般>2.0%時加入一定的α-淀粉酶.成分比較復雜,有直鏈淀粉和支鏈淀粉等等.優點：來源廣泛、價格低,可以解除葡萄糖效應.
